Nativo di Nardò ma originario di San Donato di Lecce, da ragazzino trascorse un breve periodo nel settore giovanile del Milan, facendo anche il raccattapalle a San Siro. Nostalgico di casa, decise quindi di tornare, ma il Lecce, squadra per il quale ha sempre tifato, lo scartò a causa della sua bassa statura.[15] Passò quindi giovanissimo, a 17 anni, al Casarano del direttore sportivoPantaleo Corvino, con cui esordì in Serie C1 diventando titolare fin dal suo primo anno, nel quale mise a segno 8 reti. Ripeté anche la stagione successiva gli ottimi risultati del suo esordio nel calcio professionistico, tanto che nel 1998 fu acquistato dalla Ternana, in Serie B. In quattro stagioni con la Ternana, tutte in serie cadetta, Miccoli realizzò 32 gol, di cui 15 solo nell'ultima stagione.
Perugia, Juventus e Fiorentina
Nell'estate2002 viene acquistato dalla Juventusper 7,5 milioni di euro[senza fonte] che lo gira in prestito al Perugia dell'allenatore Serse Cosmi e del Presidente Luciano Gaucci con il quale non ebbe un buon rapporto,[16] squadra con la quale debuttò in Serie A conquistando un buon decimo posto, segnando 9 reti in campionato e 5 in Coppa Italia.
Tornato alla Juventus,[16] giocò un discreto campionato nel quale, pur svolgendo il ruolo di rincalzo, si dimostrò una buona alternativa alle punte titolari. Realizzò 8 reti nel campionato 2003-2004 più una rete in Champions League contro l'Olympiakos Pireo.
Mai del tutto amato dalla dirigenza bianconera (allora guidata dalla triadeMoggi-Giraudo-Bettega),[17][18] con la quale ebbe anche qualche screzio,[15] e dopo l'acquisto di Zlatan Ibrahimović da parte dei bianconeri che gli ha chiuso praticamente lo spazio in squadra,[19] nel 2004-2005 fu ceduto a titolo definitivo alla neopromossa Fiorentina per 14 milioni di euro, e contemporaneamente fu stipulato un accordo di partecipazione per 7 milioni di euro.[20] Solo successivamente dichiarò che la sua annata in bianconero fu «una tragedia».[21]
Con la maglia viola mise a segno 12 reti in 35 partite, contribuendo alla salvezza della squadra viola. A fine stagione viene riscattato alle buste dalla Juventus per 2 milioni di euro contro 1,5 milioni offerti dalla Fiorentina.[22]
Il rilancio al Benfica
Nella stagione 2005-2006 passò in prestito oneroso (900 mila euro) al Benfica, nel campionato portoghese.[23] Con la squadra di Lisbona si mise in luce anche in Champions League, segnando due gol. Nell'estate 2006 il prestito al Benfica fu rinnovato per un'ulteriore stagione a fronte di un esborso di ulteriori 250 mila euro,[24] nella quale Miccoli scese in campo 22 volte segnando 10 reti in campionato, disputando un campionato di alto livello e diventando uno dei giocatori preferiti della tifoseria del club lusitano.[25] Collezionò 5 presenze e 2 reti in Champions League e 6 presenze e una rete in Coppa UEFA.
L'esperienza lusitana è stata però segnata da numerosi infortuni a catena che gli hanno fatto pensare seriamente di smettere di giocare, pensiero poi abbandonato grazie al supporto morale della moglie.[26]
Palermo
Con il passare degli anni è divenuto sempre più un leader della squadra rosanero - divenendo capitano - e un giocatore in grado di risolvere la partita in qualsiasi momento.[27]
Stagione 2007-2008
Dopo la fine del prestito al Benfica e il rientro alla Juventus, nell'estate 2007 viene acquistato a titolo definitivo dal Palermo[28] per 4,3 milioni di euro pagabili in tre anni.[29] Con Amauri ha formato per una stagione una delle coppie offensive più valide della Serie A.
I primi gol con la maglia rosanero arrivano alla seconda giornata contro il Livorno: il primo dopo una pregevole triangolazione con Amauri, il secondo su calcio di punizione, a giro, da fuori area, sotto la traversa. Il calciatore salentino si ripete ancora su punizione nella partita contro il Milan, siglando il gol del 2-1 al 93° minuto di gioco. Il 12 aprile 2008, con una precisa punizione da 20 metri, decide il derby di Sicilia Palermo-Catania a 6 minuti dal termine. La sua stagione, tuttavia, è costellata da infortuni che non gli garantiscono una buona continuità di forma.
Stagione 2008-2009
Nella stagione 2008-2009 si rilancia segnando 4 gol in 3 partite giocate contro Roma (doppietta), Napoli e Reggina.[30] Mette a segno il 5° gol in altrettante partite contro la Juventus, sua ex squadra.
Si è visto anche all'opera con la fascia di capitano nella partita giocata al Via del Mare contro il Lecce, squadra della sua terra di cui sogna, un giorno, di indossare la maglia[31][32]. A tal proposito, pur essendo il rigorista della squadra rosanero, il 15 marzo2009 non ha voluto tirare il rigore assegnato nella gara di ritorno proprio contro il Lecce[33], partita nella quale ha segnato il suo 10° gol in campionato[34]. Ha indossato la fascia di capitano anche contro il Chievo Verona.
Il 24 maggio, nella partita esterna contro l'Atalanta (2-2), mette a segno il 13° gol stagionale, realizzando il suo record personale di gol segnati in una singola stagione. Prima di questa stagione, il record apparteneva alla stagione 2004-2005 quando indossava la maglia della Fiorentina (12).
Il 30 maggio ha rinnovato il contratto, che scadeva nel 2010, fino al 2012.[35]
Termina la stagione con un altro gol all'ultima giornata di campionato contro la Sampdoria, portando a 14 il suo record di reti e diventando capocannoniere della squadra insieme al compagno di reparto Edinson Cavani.
Stagione 2009-2010
La nuova stagione si apre nel miglior modo per lui: protagonista del precampionato nel quale è stato il miglior marcatore con 8 reti, alla prima partita ufficiale della stagione segna una doppietta (il primo gol su rigore da lui stesso procurato, l'altro su azione) nel Terzo turno di Coppa Italia contro la SPAL (4-2) il 15 agosto. Si ripete alla prima giornata di campionato contro il Napoli (2-1), segnando su rigore il gol della vittoria.
In questi due anni abbondanti giocati in Sicilia, è divenuto uno dei giocatori chiave della squadra,[36] divenendo anche il capitano della squadra dapprima complice l'infortunio occorso a Fabio Liverani che ha tenuto il centrocampista romano fuori per alcuni mesi, e poi per volontà dello stesso Presidente Zamparini, che in data 20 novembre2009 (in conferenza stampa) comunica che la fascia resta al braccio di Miccoli.[37]
È stato protagonista della vittoria a San Siro contro il Milan (2-0) del 13 dicembre2009, partita nella quale è stato autore di un gol e di altre giocate di classe - per la quale ha ricevuto voti alti dai maggiori quotidiani sportivi nazionali - e nella quale è stato applaudito dal pubblico avversario al momento della sua sostituzione.[38]
